Los beneficios que traen las lluvias en la región son numerosos, aun cuando en general provocan molestias y en algunos casos daños importantes. Las "trombas" o lluvias torrenciales típicas de la Comarca Lagunera, que son muy intensas en muy poco tiempo, desafortunadamente no contribuyen en forma significativa a la recarga del acuífero Principal.
El nivel freático de las aguas subterráneas en el acuífero se encuentra a una profundidad de 120 m a 180 m, por lo que el agua que se almacena en la superficie de la tierra se evapora o se infiltra en la capa superior del suelo y no alcanza a llegar hasta el acuífero, porque la velocidad con que el agua se percola es muy baja y existen estratos impermeables arcillosos más abajo que impiden que el agua penetre hasta el nivel freático.
Esta el caso de los suelos con que se ha rellenado el valle, aunque en las rocas calizas de los cerros que rodean el valle ocurre otra situación diferente al haber fracturas por donde el agua viaja mucho más rápido.
Por lo tanto, las lluvias que se presentan en la región en esta temporada en parte se almacenan en la superficie del suelo, pero la mayor parte se evapora.
La verdadera recarga del acuífero proviene de otras aportaciones de agua, como son los escurrimientos en los ríos Nazas y Aguanaval, los excedentes del riego agrícola, los flujos en calizas de las sierras circunvecinas y otros posibles flujos subterráneos regionales.
Recordemos que en el valle la cantidad de lluvias es muy reducida durante el año y de baja magnitud con un valor promedio anual de 240 mm y la evaporación es mucho mayor al ser en promedio cada año del orden de 2,400 mm.
Se estima que actualmente la recarga del acuífero es de 520 millones de metros cúbicos (Mm3) por año, cifra que es necesario precisar con mayor información de campo sobre las diversas aportaciones que Conagua considera en el cálculo del dicho valor.
Como anteriormente se ha mencionado, la principal fuente de agua para el valle es la cuenca alta del río Nazas y en menor cuantía la cuenca del río Aguanaval, por lo que a partir de la disponibilidad de agua en la presa El Palmito debemos recuperar la recarga del acuífero Principal para asegurar el abasto a los centros de población en el valle.
Es importante destacar que desde la década de los 50's se empezó a extraer más agua subterránea de la que se recarga, provocando con el tiempo un desequilibrio en el acuífero, que se tradujo finalmente en el abatimiento de los niveles freáticos. No hay duda de que la mejor alternativa de solución es disminuir las extracciones, tanto agrícolas como urbanas, para lograr el equilibrio del acuífero, lo cual se puede lograr reduciendo el consumo de agua mediante su uso eficiente en todas las actividades que se realizan en la Comarca Lagunera.
