Durante el período de lucha contra la invasión de los apaches, la agricultura decayó en vista de que los peones se negaban a regar de noche por temor de un ataque.
En el proceso de la concentración de la tierra tenía un patrón común seguido por los "hombres de bien", dando origen a una oligarquía latifundista que se constituyó a lo largo del siglo XIX. Un ejemplo fue Juan Nepomuceno Flores Alcalde, quien contaba con innumerables propiedades agrícolas, entre ellas, la hacienda de San Juan de Casta en Lerdo y Guatimapé. En esta época los señores de la tierra, sin perder su condición de terrateniente pronto aprendieron las ventajas de diversificar sus inversiones impulsadas por su espíritu empresarial, desarrollando grandes proyectos a través de la agricultura, del comercio, la minería, la industria o de actividades crediticias y financieras y de mantener nexos con la vida política local y nacional.
Juan Nepomuceno Flores nació en Durango en el año de 1795. Su padre, José Leonardo Flores Valdez, originario de Coahuila, fue administrador, socio y amigo del acaudalado minero y terrateniente Juan José Zambrano, dedicado comerciante, prestamista, político, minero y terrateniente, de origen vasco. La madre de Juan Nepomuceno, María de la Luz Alcalde Sáenz de Ontiveros, originaria de Poanas, provenía de una conocida familia de latifundistas que habían destacado en la última etapa del periodo virreinal. La sobresaliente posición social de que gozaron estas familias, le facilitó al hijo relacionarse aprovechando los altos círculos político-sociales de Durango, para acceder al crédito y conquistar la cima de las minorías selectas. Juan Nepomuceno comenzó a labrar su fortuna como administrador y arrendatario de uno de los ranchos pertenecientes a la hacienda de Santa Catalina del Álamo.
Desde 1826 había dado muestras de su espíritu emprendedor al introducir en la entidad las primeras máquinas despepitadoras importadas de Estados Unidos. Esta técnica mecanizada la aplicó al algodón cosechado en la Estancia de San Esteban, rentada a Dolores Valdivieso, condesa de San Pedro del Álamo. El guardadito que con el tiempo logró reunir Nepomuceno lo perdió según él mismo lo manifestó, "en la horrorosa seca del año de 1828"; sin embargo, a juzgar por la adquisición de importantes propiedades pudo resarcirse con relativa rapidez, ya que ocho años después adquirió las haciendas de San José de Ramos (con sus anexos Rancho del Toro y San Francisco), que se ubicaba en el municipio de El Oro donde se criaba abundante ganado lanar. Asimismo, Flores en ese tiempo se trasladó a la ciudad de México para negociar con el parte hereditario que proporcionalmente les correspondía a los herederos de la venta de las haciendas de Ramos y San Juan de Casta, de dos terceras partes de la postura de compra y además con los beneficiarios de Juan José Zambrano y los acreedores. Así fue como se hizo de la propiedad de San Juan de Casta, en el Partido de Mapimí.
Por otro lado, Juan Ignacio Jiménez, originario de Cuencamé, había adquirido las tierras de la hacienda de San Lorenzo de La Laguna en el año de 1840, como socio de Zuloaga, con una superficie de 240 mil hectáreas, colindando con el latifundio de Juan Nepomuceno Flores, llamado San Juan de Casta. Asi mismo, Flores, una década después compró la hacienda La Purísima y en 1849 la Concepción de La Estanzuela, y para el siguiente decenio contaba ya con la finca rústica de Guadalupe de la Peña, Coahuila, las tierras del lecho seco de La Laguna del Tlahualilo, y los terrenos de don Pedrote y Laguna del Rey, situados en el bolsón de Mapimí y diseminados geográficamente en los estados de Durango, Chihuahua y Coahuila. Todo iba bien para este potentado terrateniente, cuando aparece en 1842 las incursiones de los famosos indios "bárbaros", que empezaron a explorar en las jurisdicciones de La Laguna, donde existían algunos ranchos agrícolas edificados por el lado de Durango río arriba de la Boca de Calabazas y también por el lado de Coahuila, direccionados arriba de las presas de Calabazas y debajo de la del Coyote lugares que no se cultivaban propiamente, sino que se aprovechaban para pastos.
Fue entonces que las extensas labores agrícolas propiedad de Juan Nepomuceno Flores, se vieron amenazadas por los depredadores apaches: como la hacienda de San Juan de Casta, y sus anexas de Avilés, San Carlos, San Fernando (Lerdo), y el latifundio de La Loma, de José Garde, que abarcaban hasta las inmediaciones de Cuencamé por un lado y por el otro Mapimí. También afectó la zona de Cinco Señores (Nazas), San Pedro del Gallo, La Zarca, Torreón de Cañas, Cerro Gordo y Las Cruces. Los ataques de los bárbaros del norte provocaron la inestabilidad de los asentamientos comarcanos y de los peones y sus familias, arriesgando su vida y soportando las más duras condiciones de vida y de trabajo, trabajadores que habían hecho lo posible junto a los hacendados el formidable desarrollo de la economía lagunera. El terror sufrido todos los días de asaltos a negocios, hogares y secuestros en forma violenta de mujeres y niños para convertirlos en cautivos y segar despiadadamente sus vidas.
Esto provocó la organización de milicias de autodefensa contra los indios bárbaros, que habían tomado la vanguardia introduciéndose por Coahuila, Nuevo León y Departamento de Durango. Para el estado de Durango, el Partido de Mapimí era la frontera con los intrusos que venían de Chihuahua hacia el Sureste, cuyos centros de población eran los que más amenazados estaban por la actividad predatoria. Durante el período de lucha contra la invasión de los indígenas decayó la agricultura por inasistencia de los peones que se negaban a regar de noche por temor de un ataque. Para sofocar los actos bélicos de los indígenas se organizaron a 20 dragones, y un cabo de la segunda Compañía Auxiliar para perseguir al enemigo, los gastos de estas acciones eran aportados por los señores de la tierra. De cierta manera los dueños de las haciendas de San Juan de Casta y La Loma, hicieron frente como pudieron para la defensa de su patrimonio. Siendo las atrocidades de los indios "bárbaros" no eran sino los prolegómenos de la guerra que preparaban los Estados Unidos contra México. Mientras Juan Nepomuceno como una medida preventiva, optó por refugiarse en la ciudad de Durango.
Por otro lado, para el 27 de julio de 1846, Durango recibe la noticia de la invasión de los Estados Unidos a Nuevo México, siendo Chihuahua el primer Estado invadido por los norteamericanos en febrero de 1847, dos escuadrones de durangueños combatieron en defensa de México, haciendo una fuerza de 1200 soldados de caballería entre Chihuahua y Durango. El 12 de mayo de 1847 fue cuando se sintió el enemigo en la Comarca Lagunera, pues un contingente de avanzada de 10 oficiales norteamericanos con 1000 hombres, se alojaron en Mapimí, pidieron pastura y víveres, advirtiendo de que si no se les proporcionaba lo tomarían a la fuerza. De hecho, los únicos encuentros de las fuerzas de Antonio Heredia contra los invasores estadounidenses se suscitaron, en mayo de 1847, en la hacienda de Sacramento, siendo derrotadas por el enemigo gringo.
Con el fin de aprovechar en lo máximo la guerra para "contrarrestar la invasión de los salvajes" y al ejército de los Estados Unidos contra de México se instaló una Junta de Guerra, creada por decreto del 21 de marzo de 1848, encabezada por el gobernador Marcelino Castañeda, gobernador del Estado de Durango, Juan Nepomuceno Flores Alcalde, ---aprovechando la permanecía en la Ciudad de Durango----, Francisco Gurza, Basilio Mendarózqueta, Rafael Peña, Juan del Palacio, y Juan de Dios Palacio, no tanto para contener las incursiones norteamericanas. En los tratados de Guadalupe Hidalgo, de febrero de 1848, los arrogantes vencedores norteamericanos del 47 reconocieron la obligación de impedir las incursiones de los bárbaros, después de haber perdido México más de la mitad de su territorio. Para ello se comprometieron a concentrar a los indios bárbaros en sus respectivas zonas, y someterlos para que vivieran en paz. Tras la segregación de más de la mitad del territorio nacional y frente a la prolongación de la "guerra apache", durante la década de 1850 los medios gubernamentales mexicanos se propusieron a la refundación del norte del país, mediante la emisión de una serie de leyes, decretos y bandos orientados a contener los afanes expansionistas norteamericanos y al mismo tiempo para terminar en definitiva con el "problema indígena".
