Carlos Sigüenza y Góngora fue uno de los historiadores interesados en el México prehispánico que empezó a recuperar documentos y objetos arqueológicos de los antiguos habitantes de Mesoamérica. Cuando murió dejó en herencia su colección a los jesuitas del colegio de San Pedro y San Pablo.
Otro fue el italiano Lorenzo Boturini Benaduci, quien alcanzó a reunir alrededor de 300 piezas y fue el primero en concebir un museo dedicado a las colecciones de procedencia indígena que llamó Museo Histórico Indiano; sin embargo, cuando consiguió el permiso de la Santa Sede para llevar a cabo la coronación de la Virgen de Guadalupe sin el visto bueno del Consejo de Indias fue arrestado y su colección fue confiscada en la secretaría del virreinato.
En 1767, cuando fueron expulsados los jesuitas, la colección de Sigüenza fue trasladada a la Real y Pontificia Universidad de México; de igual manera los documentos y las piezas de las antigüedades del archivo del virreinato por disposición de Don Antonio María de Bucareli y Urzúa -cuadragésimo sexto virrey de la Nueva España de 1771 a 1779 - y finalmente cuando gobernó el segundo conde de Revillagigedo (1789-1794) las piezas arqueológicas descubiertas en la Plaza Mayor se resguardaron en el recinto universitario por lo que se convirtió en el punto de reunión de los documentos históricos y arqueológicos; en 1822 fue constituido como Conservatorio de antigüedades y en 1825 en el Museo Nacional, una de las primeras instituciones culturales de la naciente República Mexicana.
En 1865 Maximiliano de Hasburgo clausura la universidad y decreta la creación del Museo Público de Historia Natural, Arqueología e Historia en el edificio que se fundó para casa de moneda en el reinado de Felipe V y que en ese entonces era la oficina de contribuciones y en donde se encontraba instalado el Cuerpo de Bomberos.
Hacia 1909 los objetos de la colección de anatomía comparada, botánica, geológica, mineralógica, paleontológica, teratología y zoológica se integraron al Museo Nacional de Historia Natural en el Palacio de Cristal que actualmente es el Museo Universitario del Chopo.
Cuando era presidente Lázaro Cárdenas del Río, en 1939, se creó el Instituto Nacional de Antropología e Historia, y el museo que entonces se llamaba Museo Nacional de Arqueología, Historia y Etnología se dividió para crear con las piezas posteriores a la época colonial el Museo Nacional de Historia en el Castillo de Chapultepec y el Museo Nacional de Antropología con las colecciones de las antigüedades mexicanas; éste se concentraría exclusivamente en los estudios antropológicos de la República.
El incremento de los hallazgos arqueológicos, como el de Monte Albán en Oaxaca, hizo necesario el nuevo recinto en el Bosque de Chapultepec inaugurado en 1964; actualmente exhibe alrededor de 7800 piezas en sus colecciones de arqueología y etnografía en las 23 salas en donde se exhiben las exposiciones permanentes dedicadas a las culturas prehispánicas del territorio mexicano, desde el período del poblamiento de América hasta el posclásico mesoamericano. El antiguo edificio de la calle de la Moneda alberga desde entonces al Museo Nacional de las Culturas.
