Atrás habían quedado sus actuaciones en el beisbol amateur, donde se le recuerda también su participación en la Liga Lerdense, a la que fue invitado por el Sr. Raúl Moreno, y con el Club Deportivo Hacienda en la Liga Gomezpalatina, bajo el mando del “Pelo Chino” Betancourt. Su salto a la Liga Metropolitana fue el escaparate donde sus cualidades en el terreno de juego demostraban que el joven pelotero estaba listo para incursionar en el beisbol profesional, y de ello Jorge Calvo estaba plenamente convencido.
Fue precisamente con el equipo de la capital coahuilense donde Navarrete debutó, ya que con motivo de la expansión que la Liga Mexicana de Verano tuvo en el año de 1970, se incorporaron a la misma los equipos de Saraperos de Saltillo y Algodoneros de Unión Laguna, este último con sede precisamente en la tierra que vio nacer a Navarrete: la ciudad de Gómez Palacio, Durango, donde los aficionados abarrotaban el Estadio Laguna en apoyo a sus Algodoneros, que tantas satisfacciones brindaron a sus fanáticos, hasta la última temporada en 1974, en la que después de coronarse campeones de la zona norte, fueron vencidos en la gran final por los Diablos Rojos del México, para enseguida emigrar a la vecina ciudad de Torreón, Coahuila.
Navarrete permaneció con Saltillo, bajo la dirección del “Sargento” Tomás Herrera, las temporadas de 1970 y 1971, donde gracias al talento demostrado en las prácticas del equipo, fue firmado para la organización de los Expos de Montreal, que en el año 2005 se convirtieron en los actuales Nacionales de Washington, en donde el gomezpalatino se mantuvo durante 6 temporadas en las sucursales de la mencionada franquicia, hasta llegar a la categoría triple A. Su estancia en aquel beisbol, a pesar de no llegar al equipo grande, fue para Navarrete de un enorme aprendizaje, para retornar a la pelota de nuestro país convertido en un valioso elemento que escribiría sus mejores páginas dentro del beisbol mexicano.
A su regreso al beisbol de nuestro país, y a partir de la temporada de 1978, se convertiría en el mejor bateador de porcentaje para su equipo de Saraperos de Saltillo, con los que permaneció durante 13 temporadas consecutivas bateando por encima de la “cifra mágica” de los .300, con excepción de la campaña de 1984, en la que acumuló un muy aceptable .296, arrojando sus números finales como jugador activo durante 16 temporadas (la última con Industriales de Monterrey) un formidable .327 que lo ubican en el cuarto puesto entre los mejores bateadores MEXICANOS de todos los tiempos, superado solamente por un muy exclusivo grupo que encabeza el nativo de Ensenada B.C. Cornelio García con un fantástico .345 de porcentaje; enseguida Matías Carrillo con .336, y empatados en tercer lugar, el “Supermán” de Chihuahua HÉCTOR ESPINO y Óscar Robles con .335, de acuerdo con la última publicación del Libro Quién es Quien en la Liga Mexicana de Verano.
Una vez terminada su carrera como jugador activo en el verano, Navarrete inició una nueva faceta ahora como manejador, y poniendo en práctica las enseñanzas de algunos de sus managers, entre los que se recuerda a Tomás Herrera y a Gregorio Luque, entre otros, alcanzó la meta a la que aspira todo timonel, al conducir al campeonato (único en la historia de la franquicia) de la temporada 1993 a los Olmecas de Tabasco, eliminando en la Zona Sur a los Tigres y a los Diablos Rojos del México, y dejando en el camino en la gran final a los campeones de la Zona Norte, Tecolotes de los Dos Laredos. En el año de 1998, gracias a su brillante historial, fue entronizado al Salón de la Fama del Beisbol Mexicano, junto con sus compañeros de Saraperos de Saltillo, el chiapaneco Miguel Solís, y el de Río Bravo, Coahuila, Marcelo Juárez.
Su trayectoria en la Liga Mexicana del Pacífico también lo ubica como uno de los mejores peloteros, en un circuito en el que predomina “Su Majestad” el pitcheo, y no es fácil batear por arriba de los .300, sin embargo, el orgullo de Gómez Palacio se sostuvo exitosamente durante 19 temporadas, actuando para los equipos de: Yaquis de Cd. Obregón, (12); Águilas de Mexicali, (4); Mayos de Navojoa, (1); y Ostioneros de Guaymas, (2), participando en total en 1227 juegos, conectando 1271 hits en 4683 veces al bat, para un .271 de porcentaje, con 560 carreras anotadas y 200 bases robadas. Las 19 temporadas en el Pacífico y 2 más en la Liga del Bajío con el equipo de Salamanca, le permitieron completar 21 temporadas durante el invierno.
Su número 23 ha sido retirado en el verano por los Saraperos de Saltillo, y en el invierno también es miembro del Salón de la Fama de los Yaquis de Cd. Obregón. En su carrera como manejador en el circuito invernal, estuvo al frente de los equipos de: Guasave, Culiacán y Obregón, “relevando” a los managers inicialistas, y dirigió desde un principio a: Cañeros de los Mochis, Charros de Jalisco, y Naranjeros de Hermosillo. En la temporada 20142015 fue galardonado con el trofeo que lo acredita como Manager del Año, llevando a la gran final a los Charros de Jalisco.
SERIES DEL CARIBE
Formó parte del equipo de los Yaquis de Cd. Obregón que representaron a nuestro país en 1972-73 en la Serie del Caribe que se celebró en Caracas, Venezuela; en 1973-74, con los mismos Yaquis, supliendo a Venezuela que no pudo participar, teniendo como sede la ciudad de Hermosillo, Sonora; en 1982-83, en Caracas, Venezuela, como refuerzo de los Tomateros de Culiacán; en 1984-85, en Mazatlán, Sin., como refuerzo nuevamente de los Tomateros de Culiacán, y logrando el Campeonato de Bateo; en 1985-86, en Maracaibo, Venezuela, con Águilas de Mexicali, resultando Campeones, y en lo personal, formando parte del Equipo Ideal.
Por su extraordinario desempeño en las Series del Caribe, y en las que siempre defendió con honor la franela del equipo representante de México, Juan Navarrete fue entronizado también en el año 2005, al Pabellón de la Fama del Caribe, que tiene su sede en Guaynabo, Puerto Rico. De esta manera, Navarrete fue apenas el tercer pelotero mexicano en recibir dicho reconocimiento, mismo que solo habían alcanzado: HECTOR ESPINO en 1996, y Vicente “El Huevo” Romo en 2001. Nada más y nada menos que los dos peloteros mexicanos que son considerados, el mejor bateador y el mejor pitcher, respectivamente, en la historia del beisbol de nuestro país.